Rui Beja esteve ligado ao Círculo de Leitores, editora em sistema de clube do livro então subsidiária da Bertelsmann, o maior grupo europeu de meios de comunicação, ao longo de trinta anos iniciados em 1971.
Entre 1992 e 2001 exerceu como presidente, cargo que acumulou com a presidência do Conselho de Administração da Fundação Círculo de Leitores, desde a sua constituição em 1995, e foi também presidente da Bertelsmann Portuguesa.
Esteve envolvido em vários projetos de âmbito editorial e sociocultural, com destaque para a publicação de importantes obras de referência na historiografia portuguesa, bem como na criação da editora Temas e Debates (1994), da Fundação Círculo de Leitores (1995), do Prémio Literário José Saramago (1998) e das Olimpíadas da Leitura (1998).
Em razão da atividade desenvolvida neste grupo editorial foi agraciado pelo Presidente da República com o grau de Comendador da Ordem do Mérito, em 10 de Junho de 2002.
No âmbito da economia e consultadoria de gestão interveio, entre 2002 e 2007, em vários projetos de desenvolvimento e reestruturação empresarial e, em representação da Ordem dos Revisores Oficiais de Contas, foi membro do Management Committee dos ESRA – European Sustainability Reporting Awards, tendo feito parte do respectivo júri internacional em 2004 e presidido ao júri nacional em 2004 e 2005.
Em Julho de 2008 foi eleito presidente da Direcção da APEL (Associação Portuguesa de Editores e Livreiros) para o triénio 2008/2011, em representação da Lisboa Editora; em Setembro de 2009, concretizados os dois objectivos maiores do programa de candidatura (modernização das Feiras do Livro de Lisboa e do Porto e agregação do movimento associativo editorial e livreiro que em 1999 se cindira em duas entidades - APEL e UEP), cessou funções tendo em vista a recomposição dos Órgão Sociais decorrente do processo de reunificação na APEL.
Na sequência de quatro décadas de envolvimento profissional como gestor, com predominância na indústria do livro, passou a intervir no domínio da escrita, da divulgação e da investigação relacionada com a gestão empresarial, a responsabilidade social e, fundamentalmente, a edição, o livro e a leitura. É autor das obras: Risk Management: Gestão, Relato e Auditoria dos Riscos do Negócio (2004); À Janela dos Livros: Memória de 30 anos de Círculo de Leitores (2011); A Edição em Portugal (1970-2010): Percursos e Perspectivas (2012) e Democracia do Livro em Portugal - Transições, Protagonistas e Evolução Sociocultural (2019).